http://tun.fi/HR.5918

The dataset consists of observations of arthropod species identified via metabarcoding, collected in Helsinki using Malaise traps (1 trap per site) at 8 different locations. The amplification of DNA sequences used for species identification in the 2022 dataset utilized four different markers: BFBR, LCOCR, BFHCO, and Leray. For the DNA amplification in the 2023 dataset, the markers used were BFBR, BarBee, and BeeCOI. The reference databases used for species identification were VSEARCH and BOLD, with a sequence match threshold of 0.9. Abundance data was not recorded, as the identification method does not provide information on the number of individuals. Taxa identified at a level less precise than species were excluded from the dataset. Species are reported at the genus level in cases where species-level identification was achieved but no scientific species name was available in the reference databases (e.g., genus name + code) or where the identified species in the database was deemed highly unlikely (e.g. species known only from North America or northern Finland). Some sequences of species deemed unlikely based on distribution were verified using the Protax tool of Finnish Biodiversity Info Facility, and the names provided by Protax were substituted for those in the reference databases. Observations of highly unlikely species were also removed if Protax did not provide a species-level identification. Names recorded in the reference databases are included in an additional information field. The analyses were conducted, and the report was prepared by Bioname Oy. The methodology report, result tables, and sequence data are stored at the Environmental Services of the City of Helsinki.

Aineisto koostuu Helsingissä 8 eri paikalla Malaise-pyydyksillä (1 pyydys/paikka) kerätystä, metaviivakoodauksella tunnistettujen niveljalkaislajien havainnoista. Vuoden 2022 aineiston lajintunnistukseen käytettyjen DNA-jaksojen monistukseen on käytetty 4 eri markkeria: BFBR, LCOCR, BFHCO ja Leray, vuoden 2023 aineiston DNA-monistukseen markkereita BFBR, BarBee, ja BeeCOI. Lajintunnistukseen on käytetty BOLD-referenssitietokantaa. Lajintunnistuksen kynnysarvo sekvenssien vastaavuudessa on 0,9. Runsausdataa ei ole tallennettu, koska yksilömääristä ei saada tunnistusmenetelmällä tietoa. Datasta on poistettu lajitasoa epätarkemmin määritetyt taksonit. Lajit on ilmoitettu suvun tarkkuudella, jos määritys on tehty lajin tarkkuudella, mutta DNA-sekvenssillä ei ole ollut referenssitietokannoissa tallennettuna tieteellistä lajinimeä, vaan merkintä sukunimi + koodi, tai jos tietokantoihin tallennettu laji on hyvin epätodennäköinen (esimerkiksi vain Pohjois-Amerikasta tai Pohjois-Suomesta tunnettu). Osa levinneisyyden perusteella epätodennäköisten lajien sekvensseistä on tarkastettu Protax-työkalulla ja vaihdettu tarkistuksen perusteella tietokannoista saatu nimi Protaxin antamaan nimeen. Hyvin epätodennäköisten lajien havaintoja on myös poistettu, jos Protax ei ole antanut lajitason määritystä. Referenssitietokantaan tallennetut nimet on ilmoitettu lisätietokentässä. Analyysit suoritti ja raportin tuotti Bioname Oy. Menetelmäraporttia, tulostaulukoita ja sekvenssidataa säilytetään Helsingin kaupungin ympäristönsuojelu ja ohjaus -yksikössä.

Datamaterialet består av observationer av leddjurarter som identifierats via metastreckkodning och insamlats i Helsingfors med malaisefällor (1 fälla per plats) på åtta olika platser. För amplifikationen av DNA-sekvenser som användes för artidentifiering i datasetet från 2022 användes fyra olika markörer: BFBR, LCOCR, BFHCO och Leray. För DNA-amplifikationen i datasetet från 2023 användes markörerna BFBR, BarBee och BeeCOI. De referensdatabaser som användes för artbestämning var VSEARCH och BOLD, med en sekvensmatchningströskel på 0,9. Abundansdata registrerades inte eftersom identifieringsmetoden inte ger information om antalet individer. Taxon som identifierats på en mindre precis nivå än art har exkluderats från datamaterialet. Arter har rapporterats på släktnivå i de fall där artnivåidentifiering uppnåtts men där ett vetenskapligt artnamn inte fanns tillgängligt i referensdatabaserna (till exempel släktnamn + kod), eller där en identifierad art i databasen bedömts som mycket osannolik (till exempel arter kända endast från Nordamerika eller norra Finland). Vissa sekvenser av arter som bedömts som osannolika utifrån utbredning har verifierats med hjälp av Protax-verktyget av Finlands Artdatacenter, och namnen från referensdatabaserna har i dessa fall ersatts med de namn som föreslagits av Protax. Observationer av mycket osannolika arter har också tagits bort om Protax inte tillhandahållit en artnivåidentifiering. Namn som finns lagrade i referensdatabaserna har angetts i ett extra informationsfält. Analyserna utfördes och rapporten producerades av Bioname Oy. Metodrapporten, resultatlistorna och sekvensdatan förvaras hos Helsingfors stads enhet för miljöskydd.